La primera vez que los españoles llegaron a territorio peruano fue durante el segundo viaje de Francisco Pizarro en 1527. Atravesaron gran parte de la costa norte: Paita, Sechura, Pacasmayo, hasta la desembocadura del río Santa desde donde decidieron regresar a Panamá. Después de este suceso Pizarro viajó a España. Los tres socios de la conquista Francisco Pizarro, Diego de Almagro y Hernando de Luque se dirigieron a Toledo donde consiguieron la firma de Capitulación de Toledo, el 26 de julio de 1529, concediéndole a Pizarro el título de gobernador, capitán general, adelantado y alguacil mayor del Perú.
Con autorización oficial de la corona española partieron de Panamá al Perú el 20 de enero de 1531, con 180 hombres y 39 caballos. Luego de haber pasado más de cuatro meses en la isla de Puna, desembarcaron en Tumbes, en abril de 1532.
El 15 de agosto de 1532, Pizarro fundó la primera ciudad española en el Perú, San Miguel de Tangarará. Posteriormente marcharon rumbo a Cajamarca donde sabían se encontraba el Inca Atahualpa. Llegaron el 15 de noviembre de 1532. En Cajamarca se pactó una entrevista con el Inca para la mañana siguiente. El 16 de noviembre, luego de una breve entrevista en la Plaza de Armas , el inca fue capturado y miles de indios asesinados. Atahualpa había acudido con un ejército desarmado menospreciando el poderío bélico de los españoles que ayudados por grupos enemigos al Inca lograron asestar un duro golpe a las fuerzas incaicas.
Atahualpa permaneció prisionero casi nueve meses. Había ofrecido llenar dos cuartos de plata y uno de oro a cambio de su libertad. Sin embargo, fue vilmente engañado y finalmente fue asesinado en la Plaza de Armas de Cajamarca el 26 de julio de 1533. Inicialmente se le condenó a la pena de la hoguera, pero al haber aceptado el bautismo se le cambió por la del garrote. Los españoles se repartieron un cuantioso botín, correspondiendo a la corona española la quinta parte (quinto real).
Luego de estos sucesos Pizarro decidió partir rumbo al Cusco, saliendo el 11 de agosto de 1533. En la ruta, en el pueblo de Jaquijahuana apareció a su encuentro Manco Inca Yupanqui, hijo del inca Huayna Cápac, quien reclamó los derechos de sucesión. Pizarro lo proclamó como Inca y Señor de los Cuatro Suyos. El 14 de noviembre de 1533 los españoles con el nuevo Inca llegaron al Cusco, el pueblo los recibió con algarabía, considerando a Pizarro como el dios Huiracocha “El hacedor del mundo” y vengador de la muerte del inca Huáscar.
Pizarro fundó cuatro meses después, el 23 de marzo de 1534, Cusco como ciudad española. Posteriormente, el 25 de abril de 1534, fundó la ciudad de Jauja como capital de su gobernación,.
Manco Inca, luego de conocer las verdaderas intenciones de los españoles en el Perú, organizó una sublevación que terminó con el cerco del Cusco, el 3 de mayo de 1536. La lucha se decidió a favor del bando de los españoles, quienes el 16 de mayo tomaron la fortaleza de Sacsayhuaman. Para esto, los españoles tuvieron el apoyo de los huancas, cañaris, Chachapoyas, tarmas, huacas, Yauyos y chancas. Un héroe de esta lucha fue el general inca Cahuide quien prefirió arrojarse desde lo alto de la fortaleza antes que ser capturado.
Otro levantamiento encabezado por Titu Yupanqui se había producido en Lima, sin embargo este personaje fue derrotado y asesinado.
Diego de Almagro había fracasado en su expedición a Chile. Desesperado por riquezas capturó a Gonzalo Pizarro y Alonso de Alvarado que había llegado de la zona de Chachapoyas. El plan de Almagro era apoderarse del Cusco. Sin embargo, mientras Almagro viajó a Chincha tuvo noticias que los prisioneros habían fugado.
El 6 de abril de 1538, Almagro se enfrentó en el campo de batalla contra Hernando Pizarro. Ésta se produjo en Salinas, muy cerca del Cusco. Diego de Almagro fue tomado prisionero y ejecutado en el garrote.
El hijo de Diego de Almagro “El Mozo” fue quien dirigió al bando de los almagristas en su afán de venganza. Este fue el grupo que finalmente en Lima asesinó a Francisco Pizarro el 26 de junio de 1541, el pretexto fue que Francisco Pizarro planeaba matar a Almagro “El Mozo”. La suerte de “El Mozo” estaba echada, pues fue capturado y ejecutado por las tropas encabezadas por Cristóbal Vaca de Castro, enviado por el rey de España a poner orden.
El virreinato del Perú, fue establecido el 20 de noviembre de 1542, designándose como primer virrey a Blasco Núñez de Vela. Este personaje fue hecho prisionero y ejecutado en Quito por el grupo rebelde encabezado por Gonzalo Pizarro.
El sucesor del primer Virrey fue Pedro de la Gasca, su misión era capturar a Gonzalo Pizarro. En la batalla de Jaquijahuana, el 9 de abril de 1548, su misión fue cumplida. Gonzalo Pizarro fue decapitado y enterrado en la Iglesia de La Merced de Cusco, por azares del destino fue sepultado junto a dos de sus enemigos, Diego de Almagro y su hijo “El Mozo”.
